La vegetazione risente di influenze differenti e spesso contrastanti, dovute a fattori geologici e climatici che determinano addirittura la convivenza di specie differenti per esigenze climatiche , se non addirittura incompatibili.

Durante le glaciazioni, qui , come del resto in tutte le zone delle Alpi Liguri , hanno trovato rifugio numerose specie alpine , che nella fuga dai ghiacci , sono migrate a sud adattandosi ad un ambiente radicalmente diverso da quello originario, tuttavia , nei periodi interglaciali , nettamente più caldi, specie mediterranee sono risalite in quota: queste migrazioni spiegano la coesistenza in uno spazio ristrettissimo di specie tipiche di ambienti radicalmente differenti quali la lavanda , il camedrio alpino o la stella alpina.
La composizione del terreno prevalentemente calcarea ha favorito l’insediamento di specie poco competitive e dall’areale limitato, in particolar modo specie rupicole.
Nella zona vi sono inoltre diffuse alcune piante rare, non rinvenibili altrove, al di fuori delle Alpi Liguri o Marittime e di altre presenti invece a latitudini più settentrionali o altitudini maggiori.
Le piante di alto fusto presenti nella valle di Carnino e sui versanti delle montagne circostanti sono prevalentemente appartenenti al gruppo delle conifere; il pino silvestre è predominante sui versanti più temperati, in compresenza con esemplari di pino uncinato, mentre sui versanti esposti a nord si incontrano con maggior frequenza esemplari di pino mugo e di abete bianco.
Verso valle sono presenti le latifoglie: frassino, faggio, acero, tiglio, maggiociondolo, sorbo montano.
Sulle creste della dorsale Lagarè-Caplet-Ferrà e sopra la colla di Carnino domina il larice.

Gli arbusti sono presenti a diverse livelli altitudinali: sul fondovalle troviamo salici, rose, viburni.
Nei pressi del Rifugio predomina il ginepro nano, frammisto a lavanda, ginestra, cinerea, rosa pimpinellifolia, timo serpillo, ramnus pumilus, cervino nano strisciante e aderente alle rocce.
Salendo ed inoltrandosi nella valle delle Saline o verso il colle dei Signori, si incontrano il rododendro, il ginepro nano e la rosa pendulina. Procedendo verso l’alto si incontrano infine i salici nani , piante striscianti dotate di eccezionale capacità di adattamento alle alte quote.
Poco lontano dal rifugio si trovano zone umide di limitata estensione caratterizzate dalla presenza di graminacee e della pinguicola, pianta carnivora dalle foglie vischiose.
E’ inoltre possibile incontrare piante di concordia o orchidea maculata, con spighe di fiori rosa screziati di violetto e di parnassia palustris dai delicati fiori bianchi.
Nei pascoli e nei prati più bassi si incontrano orchidee selvatiche , oltre a quella maculata : la gimnadenia conopsea, traunsteinera globosa e listera ovata . Più rare sono la platanthera bifolia e platanthera corantha, epipactis e orchidea militare.
Sui pascoli posti in quota si incontrano le piccole coeloglossum viride o testicolo di volpe, pseudoorchis albida, nigritella e la vistosa orchis mascula dai fiori porporini.

Splendidi quanto rari sono i gigli montani : il giglio di San Giovanni, dai grandi fiori arancione, il giglio martagone , punteggiato di porpora con fiori a forma di turbante, il giglio Pomponio, endemismo delle Alpi Liguri meridionali e della Provenza. I suoi vistosi fiori color mattone , dai petali caratteristicamente volti all’indietro, ne fanno una delle specie più belle , ancorché meno presenti della flora alpina.
Nei prati si trova ancora qualche esemplare di paradisia liastrum o giglio di San Bruno , dai delicatissimi fiori bianchi . L’azzurro scuro delle genziane costella i prati ed i pascoli: la genziana crociata , dai piccoli fiori quadrilobati, la genziana acaulis dai fiori più grandila genzianella frangiata, la genziana campestre.

Si può trovare anche la grande genziana gialla , dai fusti che arrivano ai 100 cm. e le foglie opposte (talvolta viene confusa con il velenoso veratro , che si differenzia per le foglie posizionate in modo alternato, frequentissimo nei pascoli).
Si trovano poi crochi , primule , sassifraghe, lino alpino, garofani, campanule ed anemoni, elleboro, acquilegia , semprevivi, viole, astri, stelle alpine, carline, per citare soltanto le specie maggiormente comuni e visibili.
Lungo gli itinerari che si dipartono dal rifugio si possono incontrare centinaia di fiori ; ci sembra opportuno ricordare come la flora spontanea sia soggetta a tutela da parte della regione Piemonte (Legge Regionale n. 32/1982) che protegge integralmente alcune delle specie citate vietandone la raccolta e limita a cinque esemplari per persona la possibilità di raccolte delle specie non soggette a tutela integrale. Fra gli altri , godono di protezione assoluta i gigli, le orchidee, molte sassifraghe ,le primule a fiore rosa o rosso , le genziane.